Исходной точкой зарождения антимонопольных органов в России считается 1990 год. В этом году был образован федеральный антимонопольный орган - Государственный комитет Российской Федерации по антимонопольной политике и поддержке новых экономических структур (ГКАП РФ).

Приказом ГКАП России от 28 ноября 1991 года было образовано Челябинское территориальное управление ГКАП России.

В Челябинском УФАС России с 1 июля 2008 года работает 51 человек, структурных подразделений в муниципальных образованиях нет. Отделы в управлении созданы с учетом приоритетных направлений деятельности антимонопольных органов. В организационную структуру согласно штатному расписанию входят семь отделов: отдел антимонопольного контроля, отдел контроля органов власти, отдел анализа товарных и финансовых рынков, отдел контроля за рекламой и недобросовестной конкуренцией, отдел контроля торгов, отдел контроля за размещением государственного и муниципального заказов, административно – кадровый отдел.

Челябинское УФАС России имеет соглашения о сотрудничестве со многими территориальными органами федеральных органов исполнительной власти, правоохранительными органами. Например, с целью выявления и пресечения нарушений антимонопольного законодательства, требующих проведения оперативно-розыскных мероприятий, представитель ГУВД Челябинской области включен в состав Комиссии Челябинского УФАС России по рассмотрению жалоб на размещение государственного или муниципального заказов. Челябинское УФАС России тесно и эффективно сотрудничает по обмену информацией с Региональным отделением Федеральной службы по финансовым рынкам в Уральском федеральном округе, Территориальным управлением Федеральной службы финансово-бюджетного надзора в Челябинской области, Территориальным органом Федеральной службы государственной статистики по Челябинской области.

Челябинское УФАС Россиивзаимодействует с Прокуратурой Челябинской области по совместному пресечению нарушений со стороны органов местного самоуправления в связи с принятием нормативных правовых актов, ограничивающих предпринимательскую деятельность.

С 2008 года при Челябинском УФАС России действует Общественно-консультативный совет.

Челябинское УФАС России награждено почетной грамотой ФАС России за большой вклад в проведение государственной политики в области развития конкуренции, предупреждения, ограничения и пресечения монополистической деятельности, добросовестный труд (2006 год).